LUẬT QUẢN LÝ THUẾ MỚI TỪ 01/7/2026: NHỮNG THAY ĐỔI DOANH NGHIỆP CẦN BIẾT

Từ ngày 01/7/2026, không chỉ cách doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ thuế thay đổi mà cách cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp cũng thay đổi theo.
Các quy định mới về đánh giá mức độ tuân thủ, phân nhóm người nộp thuế, kiểm tra từ xa, khai bổ sung hồ sơ thuế, quản lý dữ liệu điện tử và nhiều nội dung khác sẽ tác động trực tiếp đến quá trình kê khai, giải trình và xử lý hồ sơ thuế của doanh nghiệp.
Dưới đây là những điểm mới đáng chú ý của Luật Quản lý thuế 108/2025 mà doanh nghiệp nên nắm rõ trước khi luật chính thức có hiệu lực.

1.Áp dụng cơ chế phân nhóm người nộp thuế

Từ ngày 01/7/2026, cơ quan thuế sẽ thực hiện phân nhóm người nộp thuế để áp dụng biện pháp quản lý phù hợp.
Việc phân nhóm sẽ được thực hiện dựa trên nhiều tiêu chí như ngành nghề hoạt động, quy mô doanh thu, lịch sử chấp hành nghĩa vụ thuế, mức độ rủi ro và các thông tin liên quan khác.
Nói đơn giản, doanh nghiệp làm đúng sẽ được quản lý khác với doanh nghiệp thường xuyên vi phạm hoặc có nhiều rủi ro về thuế.

2. Cơ quan thuế sẽ theo dõi lịch sử tuân thủ của doanh nghiệp

Trước đây, nhiều doanh nghiệp chỉ quan tâm đến việc xử lý từng hồ sơ hoặc từng kỳ kê khai riêng lẻ. Tuy nhiên, từ năm 2026, cơ quan thuế sẽ đánh giá doanh nghiệp dựa trên cả quá trình chấp hành nghĩa vụ thuế.
Lịch sử nộp hồ sơ, kết quả thanh tra, kiểm tra, các lần vi phạm hoặc chậm thực hiện nghĩa vụ thuế đều có thể được sử dụng làm căn cứ đánh giá mức độ tuân thủ của doanh nghiệp.
Điều này đồng nghĩa việc tuân thủ thuế không còn là câu chuyện của từng kỳ kê khai riêng lẻ mà sẽ ảnh hưởng đến cách cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp trong suốt quá trình hoạt động
Ví dụ: Công ty A trong 3 năm liên tiếp luôn nộp tờ khai đúng hạn, không nợ thuế và chưa từng bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế. Trong khi đó, Công ty B nhiều lần nộp chậm tờ khai, chậm nộp tiền thuế và từng bị xử phạt do kê khai sai. Mặc dù cùng ngành nghề và quy mô tương đương, cơ quan thuế có thể đánh giá mức độ tuân thủ của hai doanh nghiệp này khác nhau.

3. Doanh nghiệp tuân thủ tốt có thể được áp dụng chế độ ưu tiên

Khi mức độ tuân thủ trở thành tiêu chí quản lý, doanh nghiệp chấp hành tốt nghĩa vụ thuế cũng có cơ hội được áp dụng cơ chế ưu tiên.
Trên thực tế, doanh nghiệp tuân thủ tốt có thể được ưu tiên hỗ trợ, giải quyết thủ tục hành chính thuế nhanh hơn, áp dụng phương thức quản lý phù hợp với mức độ rủi ro thấp và đẩy mạnh thực hiện các thủ tục điện tử.

4. Nghĩa vụ thuế sẽ được xác định theo bản chất giao dịch

Không phải mọi giao dịch đều được đánh giá dựa trên tên gọi ghi trong hợp đồng.
Luật Quản lý thuế 2025 bổ sung nguyên tắc xác định nghĩa vụ thuế dựa trên bản chất kinh tế, thương mại và tài chính thực tế của giao dịch.
Ví dụ: nếu một giao dịch được đặt tên là hợp tác kinh doanh nhưng bản chất thực tế là chuyển nhượng vốn hoặc chuyển nhượng tài sản thì cơ quan thuế vẫn có thể xác định lại nghĩa vụ thuế theo bản chất thực tế của giao dịch đó.

5. Chỉ còn 05 năm để sửa sai hồ sơ thuế

Một trong những thay đổi có tác động lớn đến doanh nghiệp là thời hạn khai bổ sung hồ sơ thuế được rút ngắn từ 10 năm xuống còn 05 năm.
Vì thế doanh nghiệp phải chủ động rà soát và phát hiện sai sót sớm hơn trước. Sau thời hạn 05 năm, người nộp thuế sẽ không còn quyền khai bổ sung đối với kỳ tính thuế có sai sót theo quy định.
Ví dụ: Năm 2026 doanh nghiệp mới phát hiện một khoản chi phí năm 2020 kê khai sai. Theo quy định mới, trường hợp này có thể đã hết thời hạn khai bổ sung. Nếu không rà soát sớm, doanh nghiệp có thể mất quyền điều chỉnh hồ sơ thuế.

6. Mỗi khoản thuế sẽ có một mã định danh riêng

Từ ngày 01/7/2026, mỗi khoản thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt sẽ được gắn với một mã định danh riêng trên Hệ thống thông tin quản lý thuế.
Người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ theo mã định danh này và hệ thống sẽ tự động ghi nhận, đối chiếu và hạch toán nghĩa vụ tương ứng.
Đáng chú ý, nếu doanh nghiệp nộp thừa tiền thuế thì hệ thống có thể tự động bù trừ với các khoản thuế, tiền chậm nộp hoặc tiền phạt còn phải nộp theo quy định mà không cần thực hiện nhiều thủ tục như trước đây.

7. Kiểm tra thuế chuyển dần sang hình thức trực tuyến và từ xa

Luật Quản lý thuế 2025 ưu tiên áp dụng công nghệ thông tin trong hoạt động kiểm tra thuế.
Điều này cho phép cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trực tuyến hoặc kiểm tra từ xa trên cơ sở dữ liệu điện tử của người nộp thuế thay vì phụ thuộc hoàn toàn vào các cuộc kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, thời hạn kiểm tra thông thường tại trụ sở người nộp thuế được tăng từ 10 ngày lên 20 ngày; trường hợp doanh nghiệp có giao dịch liên kết có thể kéo dài đến 40 ngày. Một số trường hợp liên quan đến trao đổi thông tin với cơ quan thuế nước ngoài có thể kéo dài tối đa 02 năm theo quy định.
Ví dụ: Khi cơ quan thuế phát hiện doanh thu trên hóa đơn điện tử tăng đột biến hoặc có dấu hiệu bất thường, doanh nghiệp có thể được yêu cầu giải trình và cung cấp hồ sơ điện tử trước. Chỉ khi dữ liệu hoặc nội dung giải trình chưa rõ ràng thì mới phát sinh việc kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp.

8. Dữ liệu thuế sẽ ngày càng được xử lý và đối chiếu tự động

Một trong những mục tiêu lớn của Luật Quản lý thuế 2025 là tăng cường quản lý bằng dữ liệu điện tử.
Khi hóa đơn điện tử, tờ khai thuế, báo cáo tài chính và dữ liệu từ nhiều cơ quan khác được kết nối với nhau, những sai lệch trong quá trình kê khai sẽ dễ bị phát hiện hơn.
Ví dụ: Doanh nghiệp xuất hóa đơn 10 tỷ đồng nhưng trên tờ khai thuế chỉ kê khai 9 tỷ đồng hoặc số liệu doanh thu trên báo cáo tài chính không khớp với dữ liệu hóa đơn điện tử. Khi các hệ thống dữ liệu được kết nối, những chênh lệch này sẽ dễ bị phát hiện hơn trước.
Vì vậy, thay vì chỉ tập trung hoàn thành hồ sơ đúng hạn, doanh nghiệp cũng cần quan tâm đến việc dữ liệu trên các báo cáo có thực sự thống nhất hay không.

9. Dữ liệu của doanh nghiệp sẽ được kết nối với nhiều cơ quan hơn

Hoạt động quản lý thuế trong thời gian tới sẽ không chỉ dựa trên hồ sơ do doanh nghiệp cung cấp.
Ngân hàng, tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán, cơ quan công an, tòa án, cơ quan quản lý đất đai, đơn vị logistics, sàn thương mại điện tử và nhiều cơ quan, tổ chức khác sẽ có trách nhiệm cung cấp thông tin cho cơ quan thuế theo quy định.
Điều này giúp cơ quan thuế có thêm dữ liệu để đối chiếu, xác minh và đánh giá rủi ro trong quá trình quản lý người nộp thuế.
Ví dụ: Một cửa hàng bán hàng online chỉ kê khai doanh thu 500 triệu đồng/năm, nhưng tài khoản ngân hàng lại ghi nhận dòng tiền bán hàng lên tới vài tỷ đồng. Khi dữ liệu được đối chiếu, doanh nghiệp có thể phải giải trình về sự chênh lệch này.

10. Siết chặt quản lý đối với hoạt động chuyển nhượng vốn

Luật quản lý thuế 2025 cũng quy định thêm việc tăng cường quản lý đối với hoạt động chuyển nhượng vốn, bao gồm cả chuyển nhượng vốn gián tiếp.
Trường hợp việc chuyển nhượng được thực hiện ở nước ngoài nhưng liên quan đến phần vốn góp hoặc tài sản tại Việt Nam thì vẫn có thể phát sinh nghĩa vụ thuế tại Việt Nam theo quy định.
Đây là nội dung mà các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI), doanh nghiệp có kế hoạch tái cấu trúc hoặc chuyển nhượng vốn cần đặc biệt lưu ý.
Ví dụ: Công ty A tại Singapore sở hữu 100% vốn của Công ty B tại Việt Nam. Sau đó, Công ty A bán toàn bộ cổ phần của mình cho Công ty C tại Singapore. Nhìn bề ngoài, giao dịch này diễn ra hoàn toàn ở nước ngoài giữa hai doanh nghiệp nước ngoài. Tuy nhiên, tài sản được chuyển nhượng thực chất lại là phần vốn góp tại Công ty B ở Việt Nam. Vì vậy, giao dịch này vẫn có thể phát sinh nghĩa vụ thuế tại Việt Nam theo quy định.

Một số thay đổi đáng chú ý đối với hộ kinh doanh được áp dụng từ ngày 01/01/2026

Đơn giản hóa một số thủ tục khai thuế đối với hộ kinh doanh có doanh thu nhỏ, tăng cường thanh toán không dùng tiền mặt đối với các khoản chi phí đủ điều kiện tính vào chi phí hợp lệ và tiếp tục quản lý thuế theo cơ chế riêng đối với hộ kinh doanh.
Việc này tác động đáng kể đến phương thức quản lý tài chính và thói quen sử dụng tiền mặt của hộ kinh doanh.

Doanh nghiệp nên chuẩn bị gì từ bây giờ?

Nhìn tổng thể, Luật Quản lý thuế 2025 thay đổi mạnh cách thức quản lý của cơ quan thuế theo hướng quản lý bằng dữ liệu, đánh giá tuân thủ và quản lý rủi ro.
Do đó, doanh nghiệp nên chủ động rà soát dữ liệu kế toán, hóa đơn điện tử và hồ sơ khai thuế; kiểm tra tính thống nhất giữa sổ sách kế toán và báo cáo tài chính; đánh giá các giao dịch có rủi ro về thuế; chuẩn hóa quy trình lưu trữ dữ liệu điện tử và xây dựng cơ chế kiểm soát tuân thủ nội bộ ngay từ bây giờ.
Với 16 năm kinh nghiệm tư vấn thuế, kế toán và pháp lý doanh nghiệp, EMC hỗ trợ khách hàng đánh giá mức độ tuân thủ hiện tại, nhận diện các rủi ro tiềm ẩn và xây dựng giải pháp phù hợp để sẵn sàng thích ứng với những thay đổi từ Luật Quản lý thuế 2025.